Первые шаги по возвращению верующих людей в лоно церкви были очень трудными. У вновь открывшегося прихода не было ни помещения для проведения служб, ни богослужебной утвари, ни другого необходимого имущества. Да и количество прихожан было совсем небольшим. Но была крепка вера настоятеля прихода и высокая потребность в богослужении у жителей микрорайона – приход начал свою богоугодную жизнь и дело приобщения людей к святым таинствам. С 1996 года настоятелем Свято-Духова храма был назначен иерей Сергий Лопасов. С этого года началось активное развитие церковной жизни прихода. В результате приложенных усилий удалось найти временное помещение для совершения богослужений. В период с 1996г. по 1999г. развивается церковная жизнь и община прихода, создается проект будущего храма, который должен возвыситься в самом центре КМР.
Светские власти с пониманием отнеслись к нуждам и чаяниям православных людей, и вскоре администрация Карасунского внутригородского округа выделила земельный участок под строительство нового православного храма. К марту 2000 года были проведены основные работы, связанные с подготовкой к строительству храма. И уже 16 апреля состоялась закладка и освящение митрополитом Екатеринодарским и Кубанским Исидором закладной плиты на месте будущего строительства храма.
С этого же года богослужения в храме проводятся ежедневно. Приход имеет в своем штате 6 священников, двух диаконов и два хора.
В сентябре 2007 года после торжественного молебна, который возглавил настоятель протоиерей Сергий, были установлены малые купола, а в марте 2008 года торжество православия в отдельно взятом районе Краснодара ознаменовалось установкой главного купола храма Святого Духа. 
С 2005г. в День Святой Троицы в храме появилась ежегодная традиция совершения Крестного хода вокруг Комсомольского микрорайона. Верующие всегда с радостью ожидают этого события и обязательно стараются в нем поучаствовать. С пением молитв и чтением Святого Евангелия, молящиеся, во главе со священнослужителями, обходят вокруг всего района, чтобы испросить благословение Божие на всех его жителей. И даже те, кто не участвуют в Крестном ходе не остаются равнодушными к этому торжеству православия. Строительство храма начато в 2001г. и на сегодняшний день близится к своему завершению. Храм имеет два престола. Верхний, главный престол храма - в честь и память Святого Духа. Нижний престол посвящен Новомученикам и Исповедникам Российским.
7 июля 2011г. епископом Ейским Германом был освящен нижний придел храма.
23 октября 2011 года Митрополитом Екатеринодарским и
Кубанским Исидором и епископом Майкопским и Адыгейским Тихоном был освящен главный придел храма в честь и память Святого Духа. В освящении также принимали участие множество священнослужителей нашей Епархии. Это событие собрало в храме большое количество верующих, многие из которых приняли активное участие в деле строительства храма. Позади остались нелегкие годы строительства и сегодня храм предстает пред нашим взором в своем величии и красоте.
